Sequence Alignment Menggunakan Algoritma Smith Waterman

Abstract

Analisis terhadap data genetik dilakukan untuk mengetahui struktur dan fungsi data genetik tersebut. Analisis pada data genetik protein dapat dilakukan dengan melakukan penyejajaran sekuen (sequence alignment) yaitu proses menyejajarkan suatu sekuen dengan satu atau beberapa sekuen lain sehingga diperoleh tingkat kesamaan di antaranya (sequence similarity). Satu sekuen terdiri dari sejumlah simbol (residu) yang mewakili data genetik protein. Dalam proses alignment sejumlah sekuen-sekuen, dibutuhkan nilai konstanta kesamaan dan ketidaksamaan antara dua residu, sehingga dapat dihitung nilai kesamaan antar dua atau lebih sekuen tersebut. Pada makalah ini dibahas bagaimana melakukan sequence alignment pada sekuen protein menggunakan algoritma Smith-Waterman secara terkomputerisari, serta menentukan nilai konstanta yang digunakan untuk kesamaan dan ketidaksamaan residu.